A estrutura organizacional da Prefeitura é dividida da seguinte maneira:
- A Administração Direta, que compreende todas as Secretarias Municipais, como a Secretaria Municipal de Educação, a Secretaria Municipal de Saúde e a Secretaria Municipal do Meio Ambiente;
- A Administração Indireta, que é composta pelas Autarquias (como o Instituto Pereira Passos), Empresas Municipais (como a Comlurb) e Fundações Municipais (como a Geo-Rio).
No Sistema Integrado de Codificação Institucional (SICI), o cidadão poderá realizar a consulta de todos os órgãos da Prefeitura, sua localização e seus dirigentes (até o 3º grau de hierarquia), bem como suas competências e de seus setores.
